انسان را قارچ ها و باکترها ی خوب سلامت میدارد

باکتری های داخل معده
باکتری اصلی داخل معده هلیکوباکتر پیلوری (H. pylori) است که می‌تواند باعث زخم معده، ورم معده و حتی سرطان معده شود . قارچ‌ها نیز از طریق غذای آلوده می‌توانند وارد دستگاه گوارش شوند و باعث عفونت‌های روده‌ای شوند، هرچند عفونت‌های قارچی معده کمتر شایع هستند و باکتری‌ها عامل اصلی عفونت‌های گوارشی به شمار می‌روند . برای تشخیص و درمان، مشاوره با پزشک ضروری است
فلور میکروبی دستگاه گوارش شامل مجموعه‌ای از میکروب‌ها از جمله باکتری‌ها، آرکی‌ها و قارچ‌هاست که در لوله گوارش انسان و سایر جانوران از جمله حشرات زندگی می‌کنند روده، محل اصلی استقرار این میکروارگانیسم‌ها در انسان است. هنگامی که مطالعهٔ فلور گوارشی در سال ۱۹۹۵ آغاز شد، تصور می‌شد که این میکروب‌ها سه نقش کلیدی دارند: دفاع در برابر عوامل بیماری‌زا، حفظ بافت پوششی روده و متابولیزه کردن ترکیبات غیرقابل هضم در غذا. مطالعات بعدی نقش ایجاد مقاومت برای بدن در برابر میکروب‌ها و کمک و آموزش به دستگاه ایمنی بدن را در ارتباط با محور مغز - روده نشان داد.

ترکیب میکروبی میکروبیوتای روده در مناطق مختلف دستگاه گوارش متفاوت است. روده بزرگ دارای بالاترین تراکم میکروبی ثبت‌شده در میان تمامی زیستگاه‌های روی زمین است که بین ۳۰۰ تا ۱۰۰۰ گونه مختلف را میزبانی می‌کند. با این‌حال، ۹۹ درصد از باکتری‌های روده از حدود ۳۰ یا ۴۰ گونه هستند. باکتری‌ها همچنین تا ۶۰ درصد از تودهٔ خشک مدفوع را تشکیل می‌دهند. بیش از ۹۹ درصد از باکتری‌های روده، بی‌هوازی هستند، اما در کورروده، باکتری‌های هوازی نیز به تراکم بالایی می‌رسند. برآورد می‌شود که ژنوم میکروبیوتای رودهٔ انسان، حدود صد برابر اندازهٔ ژنوم انسان است
در انسان، میکروبیوتای روده بیشترین تعداد باکتری و بیشترین تعداد گونه را در مقایسه با سایر نواحی بدن دارد. در انسان، فلور روده در یک تا دو سال پس از تولد ایجاد می‌شود، در آن زمان بافت پوششی روده و سد مخاطی روده‌ای که از آن ترشح می‌شود به نحوی ایجاد شده‌است که به فلور روده مقاوم و حتی حامی آن است. و همچنین مانعی برای جانداران بیماری‌زا ایجاد می‌کند.
رابطه میان برخی از فلور روده و بدن انسان، صرفاً همسفرگی (یک همزیستی غیر مضر) نیست، بلکه یک رابطهٔ هم‌زیستی دوسویه است.

باکتری‌های روده، در سنتز ویتامین‌های گروه ب و ویتامین کا و همچنین متابولیسم اسیدهای صفراوی، استرول‌ها و بیگانه‌زیست‌ها نقش دارند. اهمیت سیستمیک فلور گوارشی و ترکیباتی که آن‌ها تولید می‌کنند مانند هورمون‌ها است و به‌نظر می‌رسد فلور روده مانند یک غده درون‌ریز عمل می‌کند و اختلال در تنظیم فلور روده، با مجموعه‌ای از شرایط التهابی و خودایمنی مرتبط است. ترکیب میکروبیوتای رودهٔ انسان در طول زمان که رژیم غذایی و سبک زندگی تغییر می‌کند و همچنین با تغییر وضعیت سلامتی کلی بدن، تغییر می‌کند
ترکیب میکروبی میکروبیوتای گوارش در سراسر دستگاه گوارش، متفاوت است. در معده و روده کوچک، گونه‌های نسبتاً کمی از باکتری‌ها به‌طور کلی وجود دارند. در مقابل، روده بزرگ دارای بالاترین تراکم میکروبی در میان تمامی زیستگاه‌های روی زمین است این باکتری‌ها، از ۳۰۰ تا ۱۰۰۰ گونه مختلف هستند.] با این‌حال، ۹۹ درصد از این باکتری‌ها از حدود ۳۰ یا ۴۰ گونه هستند. در نتیجهٔ فراوانی آن‌ها در روده، این باکتری‌ها تا ۶۰ درصد تودهٔ خشک مدفوع را نیز تشکیل می‌دهند. قارچ‌ها، آغازیان، آرکی‌ها و ویروس‌ها نیز در فلور روده وجود دارند، اما اطلاعات کمتری در مورد فعالیت‌های آن‌ها وجود دارد.

بیش از ۹۹ درصد از باکتری‌های لولهٔ گوارش، بی‌هوازی هستند، اما در کورروده، باکتری‌های هوازی به تراکم بالایی می‌رسند. برآورد می‌شود که اندازهٔ ژنوم فلور گوارشی انسان، در مجموع، حدود صد برابر اندازهٔ ژنوم انسان است
بسیاری از گونه‌های فلور گوارشی، خارج از بدن میزبان خود، مورد مطالعه قرار نگرفته‌اند زیرا بیشتر آن‌ها را نمی‌توان کشت داد. تعداد کمی از گونه‌های اصلی میکروب‌ها وجود دارد که در اکثر افراد مشترک است اما جمعیت میکروب‌ها می‌تواند در بین افراد مختلف، بسیار متفاوت باشد. در بدن یک فرد، جمعیت میکروب‌ها در طول زمان، نسبتاً ثابت می‌ماند اما برخی تغییرات نیز ممکن است با تغییر در سبک زندگی، رژیم غذایی و سن رخ دهد. اکنون پروژه میکروبیوم انسان برای توصیف بهتر میکروبیوتای رودهٔ انسان و سایر قسمت‌های بدن، در حال انجام است

چهار شاخه باکتریایی غالب در رودهٔ انسان عبارت‌اند از: فیرمیکوت‌ها، باکتروئیدها، اکتینوباکترها و پروتئوباکتریا. بیشتر باکتری‌ها متعلق به سرده‌های باکتروئیدسکلوستریدیوم، Faecalibacterium, یوباکتریوم، رومینوکوکوس , پپتوکوکوس، پپتواسترپتوکوکوس و بیفیدوباکتر هستند. سرده‌های دیگر، مانند اشریشیا و لاکتوباسیلوس، به میزان کمتری وجود دارند گونه‌هایی از سردهٔ باکتروئیدس به تنهایی حدود ۳۰ درصد از کل باکتری‌های روده را تشکیل می‌دهند که نشان می‌دهد این سرده، در عملکرد میزبان، اهمیت بالایی دارد.

سرده‌های قارچی که در روده شناسایی شده‌اند شامل کاندیدا، ساکارومایسس، آسپرژیلوس، پنی‌سیلیوم، رودوتورولا، ترامتس، پلئوسپورا، اسکلروتینیا، بولرا و گالاکتومایسس هستند. رودوتورولا بیشتر در افراد مبتلا به بیماری التهابی روده یافت می‌شود در حالی که کاندیدا بیشتر در افراد مبتلا به سیروز، هپاتیت ب و هپاتیت مزمن ب یافت می‌شود.

آرکی‌ها دستهٔ بزرگ دیگری از فلور روده را تشکیل می‌دهند که در متابولیسم محصولات باکتریایی تخمیری مهم هستند.

صنعتی‌سازی با تغییرات در میکروبیوتا همراه است و کاهش تنوع، می‌تواند گونه‌های خاصی را به سمت انقراض سوق دهد. محققان در سال ۲۰۱۸، ساخت بانک اطلاعات پزشکی (Biobank) از میکروبیوتای انسانی را پیشنهاد کردند